动物育种中的统计计算(第二版）

章 Julia 语言使用说明

第二章
系谱数据处理方法 .

节、近交系数与亲缘系数 .

第二节
分子血缘相关矩阵及其逆矩阵计算….

第三节、计算实例

 

第三章动物遗传育种中的数据模拟 ………

节随机数和随机变量的产生

第二节
误差计算…

第三节
使用 Julia 语言模拟数据..

第四节
计算实例 …

第五节
基因组模拟软件 XSim，

第四章，线性模型的建立和求解，

节，单因子模型 …..

第二节二因子模型 ………

第三节建立 Henderson 混合模型方程组 .

.第四节稀疏矩阵使用 ….

 

第五章
线性模型的扩展

节有重复记录的动物模型…..

第二节母体效应模型，

 

第六章多性状模型优势

节
多性状模型 …

第二节Julia 语言实现 MT 模型

第三节
带有缺失数据的多性状模型

第七章
分子标记和多基因效应单性状模型

节
标记辅助选择..

第二节混合模型方程组的储存技术

第三节Julia 语言示例 …..

第八章MCMC 算法

节贝叶斯统计….

第二节Julia 语言的实现….

第三节贝叶斯统计在多元线性模型中的应用

第四节贝叶斯统计示例…..

第五节
多性状模型的 Gibbs 抽样，

第六节
思考题解答 ……

第九章全基因组连锁及关联分析

节考虑稀有变异非加性效应的基因组分析

第二节
多元混合线性模型…

第三节
贝叶斯 GWAS

第四节
单步全基因组分析方法

第五节 GBLUP 的准确性

第六节 Julia 语言示例.

第十章附
录 ..

1节线性模型简介 .

第二节基于系谱的混合线性模型

第三节预测 SNP 效应的固定效应模型.

第四节
结合有基因型和无基因型家畜数据

第五节
贝叶斯 GWAS ..

第六节
统计基因组学基础

第七节J Julia 和 R 语言混合编程解决稀有变异关联研究问题

 

参考文献

自《动物育种中的统计计算:Julia 语言应用》版于 2016 年出版以来，得到业界同行的一致肯定。五年来动物育种领域又有了许多新的进展，Julia 语言也已经由 0.4 版发展到现在的 1.6 版。国内也有了 Julia 语言的专门讨论社区，Julia 语言的语法发生了许多变化，已有的许多代码不能够顺利运行。本书是第二版，将原有代码用 Julia 1.6 进行了改写，并补充许多新的内容和代码，主要有 Julia 语言新的语法、基因组分析代码实例、稀有变异模拟及分析代码、非加性效应模拟及分析代码、Julia 语言和 R 语言混合编程等内容。应许多读者要求，提供全书大部分章节的源代码。但是，由于撰写时间有限，没有涉及机器学习(深度学习)及并行计算方面的内容，在这两个领域快速发展的时代，确实是一种遗憾，有待在下一版本或其他论著中进一步完善。