病毒高通量测序与生物信息学技术

随着高通量测序技术在传染病防控中的广泛应用，基层工作中亟需具有实操指导性的高通量测序技术专业书籍。本书兼顾理论与实践，图文结合，围绕基因测序（湿实验）、数据分析（干实验）两部分核心内容展开论述：前者涵盖基因发展概述、测序原理、测序实验室&仪器、测序操作等内容，覆盖基因测序重点核心步骤，可为实验室建设提供指引、为实验室操作提供参考等；后者包括数据分析基础概念、流程与原理、常用数据库&软件等，满足读者入门及基础分析要求。

陈恒，博士，副主任技师，成都市疾控中心肠道病毒负责人，中国医学科学院成都新发突发传染病防治工作站基因测序平台负责人。
  赵翔，硕士，博士在读。世界卫生组织全球流感参比和合作研究中心，国家流感中心，测序及新技术平台负责人。
  崔仑标，博士，研究员，博士生导师。江苏省疾病预防控制中心病原微生物研究所所长。

 

 

目录

 

 

第一章高通量测序技术的发展与应用1

 

第一节测序技术概述2

 

第二节测序技术的发展10

 

第三节高通量测序技术的应用13

 

 

第二章高通量测序原理17

 

第一节Illumina测序原理17

 

第二节华大MGI测序原理23

 

第三节Ion Torrent测序原理27

 

第四节ONT测序原理31

 

第五节PacBio单分子实时测序原理33

 

第六节GenapSys测序原理34

 

 

第三章高通量测序实验37

 

第一节DNA测序37

 

第二节RNA测序46

 

第三节DNA甲基化测序55

 

第四节宏基因组测序63

 

 

第四章基因测序流程69

 

第一节实验室设计及注意事项69

 

第二节湿实验70

 

第三节干实验84

 

 

第五章生物信息学分析85

 

第一节生物信息学概述85

 

第二节生物信息学分析流程91

 

第三节新型冠状病毒NGS的数据分析99

 

 

第六章生物信息学数据库110

 

第一节生物信息学数据库的分类110

 

第二节生物信息学数据库的发展112

 

第三节主要数据库简介113

 

 

第七章生物信息学工具包132

 

第一节商业软件及应用指导132

 

第二节在线分析网站（以新型冠状病毒为例）154