猪基因组选择

本书共分13章。第1章导论介绍了繁育体系的基本概念、育种值的重要性及其估计发展简史，第2-8章介绍基本原理括优线性无偏预测(BLUP)、贝叶斯(Bayes)基因组预测、基因组优线性无偏预测(genomicBLUP，GBLUP)、一步法基因组优线性无偏预测(single-stepgenomicBLUP，ssGBLUP)、基于机器学因组预测、兼顾优势与遗传×环境的基因组育成以及选种与选配；第9-11章介绍开展基因组选择的三大环节——表现组测定、基因组检测、大数据管理；第12-13章介绍联合育种体系建设和利用基因组选择平台选种选配。

第1章|导论

1.1选择的基本原理

1.1.1繁育生产体系

1.1.2选种、选配流程

1.1.3育种值的概念

1.1.4选择反应

1.2育种值的传统估计

1.2.1单性状

1.2.2多性状

1.3优线性无偏预测

1.3.1基本原理

1.3.2模型偏差

1.3.3实际应用

1.4标记辅助选择与基因组选择

1.4.1标记辅助选择

1.4.2基因组选择

1.5全国生猪遗传改良计划·

1.5.109-计划

1.5.221-35计划

第2章|优线性无偏预测

2.1单性状BLUP模型

2.1.1模型方法

2.1.2数据演示

2.1.3程序代码

2.2多性状BLUP模型

2.2.1模型方法

2.2.2数据演示

2.2.3程序代码

2.3纵向数据随机回归模型

2.3.1模型方法

2.3.2 数据演示

2.3.3 程序代码

第3章|贝叶斯基因组预测

3.1基因组选择

3.2贝叶斯方法

3.2.1模型

3.2.2 BayesA

3.2.3

3.2.4

3.2.5 Bayes Lasso

3.3案例演示

3.3.1数据

3.3.2使用代码

3.3.3结果分析

第4章|基因组优线性无偏预测

4.1 GBLUP原理

4.1.1小二乘法

4.1.2 SNP-BLUP

4.1.3 GBLUP

4.2基因组亲缘关系矩阵的构建方法

4.2.1 VanRaden法

4.2.2赋权法

4.3考虑显性效应的模型

4.4多性状模型

4.5GBLUP的应用

4.5.1模拟数据

4.5.2基因组预测

第5章|一步法基因组预测

5.GBLUP原理

5.2 G矩阵与A矩阵的兼容性

5.3一步贝叶斯回归法（ssBR）

5.4多性状模型

5.5 多群体ssGBLUP

5.6一步法在猪基因组选择中的应用

5.7基因组选择性及其影响因素

5.7.1基因组选择性的衡量指标

5.7.2影响基因组选择性的因素

第6章|基于机器学因组预测

6.1算法模型·

6.1.1人工神网络

6.1.2决策树

6.1.3集成学

6.1.4 SVM

6.2案例演示

6.3程序代码

第7章|兼顾与遗传X环境互作的基因组预测

7.1兼顾与纯种的预测模式·

7.1.1基于BLUP的兼顾的预测方法

7.1.2兼顾的基因组选择方法

7.2兼顾遗传与环境互作的基因组选择·

7.2.1遗传与环境互作对我国养猪业的影响

7.2.2互作模型

7.2.3多性状模型

7.2.4反应规范模型

7.3实例演示?

7.3.1兼顾的基因组选择

7.3.2兼顾遗传与环境互作的基因组选择

第8章|选种与选配

8.1选种

8.1.1佳贡献选择法

8.1.2优单倍体值法

8.1.3优群体值法

8.1.4前瞻选择法

8.2选配

第9章|表型组测定

9.1围绕育种目标的表型性状

9.1.1繁殖性状

……

11.2.3 胴体与肉质性状.

11.2.4健康性状与环境数据监测

11.2.5 体型外貌·

11.3基因组数据处理规范

原始测序数据质量评估与过滤.

11.3.2 去重（demultiplex）与文库质量评估

11.3.3测序数据到参考基因组的比对：

第12章|联合育种

12.1联合方式

12.1.1繁育体系结构

12.1.2大白猪的联合育种模式

12.1.3长白猪的联合育种模式

12.1.4杜洛克猪的联合育种模式

12.1.5种猪繁育区域布局

12.2基于基因组的跨场亲缘关系矩阵

12.2.1直接构建

12.2.2兼顾各群体遗传结构的构建方法

12.3多群体基因组选择

12.3.1多性状、单一亲缘关系矩阵模型

12.3.2多性状、双亲缘关系矩阵模型

12.4实例演示

12.4.1利用PyAGH软件构建多群体亲缘关系矩阵

12.4.2多群体基因组选择案例

第13章|网络平台

13.1 Alpha index数据资源

13.1.1用于基因组填单体型资源

13.1.2表型资源

13.2 Alpha index应用

13.2.1基因组填和管理平台

13.2.2猪场生产管理

13.2.3育种值计算个性化选择指数制定

13.2.4同态加密基因组选择平台

参考文献