海洋微生物学（第三版）

《海洋微生物学（第三版）》主要由中国海洋大学从事海洋微生物学研究的相关人员结合自身教学与科研实践并参考国内外*新文献编写而成。《海洋微生物学（第三版）》共分为15章，包括海洋微生物学概论、海洋原核生物的结构及特性、海洋细菌、海洋古菌、海洋真核微生物、海洋病毒、海洋极端环境中的微生物、海洋微生物在生态系统中的作用、海洋环境中活的非可培养状态细菌、鱼类的微生物病害及防治、海洋微生物的开发利用、海洋微生物的采样技术、海洋微生物的分离培养与保藏技术、海洋细菌的分类与鉴定技术、海洋环境微生物的检测技术。《海洋微生物学（第三版）》内容丰富、层次分明、图文并茂、实用性强，力求从个体和群体水平上阐述海洋微生物学的基本规律，突出该学科的重点、难点和生长点。

目录
第1章 海洋微生物学概论1
1.1 海洋微生物及其重要性1
1.1.1 什么是海洋微生物？1
1.1.2 海洋微生物的重要性1
1.2 海洋微生物学的发展历程2
1.2.1 1676～1950年——对海洋微生物的早期认识3
1.2.2 1951～1976年——海洋微生物学的迅速发展4
1.2.3 1977～1995年——分子生物学时代5
1.2.4 1996年至今——基因组时代8
1.3 海洋微生物的主要类群9
1.3.1 细胞型生物10
1.3.2 非细胞型生物——病毒13
1.4 海洋微生物的主要特征13
1.4.1 大小14
1.4.2 形态结构特征15
1.4.3 生理特征16
1.4.4 培养特征19
1.5 海洋微生物的栖息环境20
1.5.1 海洋环境20
1.5.2 水体生境21
1.5.3 海雪22
1.5.4 沉积物23
1.5.5 海冰25
1.5.6 热液喷口和冷泉25
1.5.7 活的生物26
1.5.8 生物被膜和微生物席27
主要参考文献27
复习思考题28
第2章 海洋原核生物的结构及特性30
2.1 海洋原核生物的形态结构30
2.1.1 原核生物的细胞形态30
2.1.2 细胞壁31
2.1.3 细胞质膜和其他内膜结构35
2.1.4 拟核与核糖体37
2.1.5 内含物37
2.1.6 荚膜和糖被42
2.1.7 鞭毛及菌毛43
2.2 海洋原核生物的能量代谢48
2.2.1 能量来源和碳源48
2.2.2 光能营养菌的能量产生49
2.2.3 化能异养菌的能量产生52
2.2.4 化能自养菌的能量产生53
2.3 海洋原核生物的营养及生长55
2.3.1 营养要素55
2.3.2 细菌的生长周期56
2.3.3 细胞活力57
2.3.4 营养物浓度对生长的影响58
2.4 海洋原核生物的群体感应与生物被膜59
2.4.1 细菌的群体感应59
2.4.2 细菌的生物被膜61
2.5 海洋原核生物的基因组学63
2.5.1 核基因组63
2.5.2 质粒66
主要参考文献67
复习思考题68
第3章 海洋细菌69
3.1 细菌分类系统69
3.2 海洋细菌的主要类群概述72
3.3 变形菌门73
3.3.1 a-变形菌纲74
3.3.2 β-变形菌纲78
3.3.3 γ-变形菌纲78
3.3.4 -变形菌纲88
3.3.5 -变形菌纲90
3.3.6 ζ-变形菌纲91
3.4 蓝细菌门92
3.4.1 基本特征92
3.4.2 形态和分类92
3.4.3 固氮作用93
3.4.4 原绿球藻属和聚球藻属93
3.4.5 微生物席和叠层石94
3.5 拟杆菌门95
3.6 厚壁菌门和放线菌门96
3.6.1 厚壁菌门96
3.6.2 放线菌门98
3.7 浮霉菌门、疣微菌门和黏结球形菌门100
3.7.1 浮霉菌门100
3.7.2 疣微菌门101
3.7.3 黏结球形菌门102
3.8 绿菌门、绿弯菌门、硝化螺菌门和脱铁杆菌门102
3.8.1 绿菌门102
3.8.2 绿弯菌门103
3.8.3 硝化螺菌门104
3.8.4 脱铁杆菌门105
3.9 酸杆菌门、出芽单胞菌门和螺旋体门105
3.9.1 酸杆菌门105
3.9.2 出芽单胞菌门105
3.9.3 螺旋体门106
3.10 产液菌门、热袍菌门和奇异球菌-栖热菌门107
3.10.1 产液菌门107
3.10.2 热袍菌门108
3.10.3 奇异球菌-栖热菌门108
主要参考文献109
复习思考题111
第4章 海洋古菌113
4.1 古菌分类系统113
4.2 广古菌门115
4.2.1 产甲烷古菌115
4.2.2 厌氧甲烷氧化古菌118
4.2.3 热球菌目120
4.2.4 古生球菌属和铁古球菌属120
4.2.5 极端嗜盐菌121
4.2.6 Marine GroupⅡ.123
4.3 泉古菌门124
4.4 奇古菌门125
4.5 深古菌门128
4.6 初生古菌门129
4.7 纳米古菌门130
4.8 阿斯加德古菌131
4.9 古菌细胞膜脂及其应用132
主要参考文献134
复习思考题136
第5章 海洋真核微生物138
5.1 真核微生物概述138
5.1.1 真核微生物的主要类群138
5.1.2 真核细胞的结构与功能138
5.2 原生动物140
5.2.1 微型浮游鞭毛类140
5.2.2 纤毛虫142
5.2.3 放射虫和有孔虫143
5.3 真核微藻145
5.3.1 硅藻145
5.3.2 颗石藻类147
5.3.3 甲藻148
5.4 海洋真菌150
5.4.1 海洋真菌的定义与物种数量150
5.4.2 海洋真菌的主要类群及特征151
5.4.3 海洋真菌的生态功能154
5.4.4 几种典型生境的海洋真菌多样性与群落组成157
5.4.5 影响海洋真菌多样性时空分布格局的因素160
5.4.6 海洋真菌的开发利用价值161
主要参考文献162
复习思考题165
第6章 海洋病毒166
6.1 海洋病毒的丰度与生产力168
6.1.1 海洋病毒的丰度及分布168
6.1.2 海洋病毒的计数方法169
6.1.3 病毒的裂解量与生产力171
6.1.4 病毒失活172
6.2 海洋噬菌体的侵染方式172
6.2.1 烈性噬菌体和裂解周期172
6.2.2 温和噬菌体与溶原周期173
6.2.3 慢性侵染174
6.3 海洋病毒的多样性174
6.3.1 基于培养方法研究病毒的多样性174
6.3.2 基于特征基因研究病毒的多样性175
6.3.3 基于宏基因组学研究病毒的多样性175
6.4 海洋病毒和宿主的相互作用176
6.4.1 病毒影响宿主的代谢与表型176
6.4.2 病毒介导宿主的水平基因转移178
6.4.3 病毒与宿主之间的协同进化178
6.5 海洋病毒的重要生态学作用179
6.5.1 海洋病毒维持微生物群落的稳态和多样性179
6.5.2 海洋病毒与生物地球化学循环180
6.6 感染海洋真核生物的病毒181
6.6.1 感染真核生物的核质巨DNA病毒181
6.6.2 感染水产养殖动物的病毒183
主要参考文献186
复习思考题187
第7章 海洋极端环境中的微生物188
7.1 深海环境和深海微生物概况188
7.1.1 深海环境的基本特征188
7.1.2 深海微生物的数量190
7.1.3 深海原核微生物的多样性191
7.1.4 深海真核微生物的多样性192
7.1.5 深海病毒的多样性193
7.2 海底热液喷口与冷泉微生物193
7.2.1 热液喷口微生物193
7.2.2 冷泉微生物197
7.3 深海海沟微生物199
7.4 海底深部生物圈200
7.5 极地微生物201
7.5.1 海冰微生物202
7.5.2 冰川微生物205
7.5.3 极地潮间带沉积物微生物206
7.5.4 南大洋浮游微生物208
7.6 海洋极端环境微生物的环境适应机制209
7.6.1 低温209
7.6.2 高温210
7.6.3 高压213
7.6.4 氧气的毒理效应215
7.6.5 紫外辐射216
7.6.6 高盐218
7.6.7 多重极端条件220
主要参考文献220
复习思考题223
第8章 海洋微生物在生态系统中的作用224
8.1 海洋微生物与碳循环224
8.1.1 海洋微食物环225
8.1.2 海洋碳循环的微生物过程233
8.1.3 海洋对CO2的吸收机制239
8.2 海洋微生物与氮循环241
8.2.1 固氮作用242
8.2.2 硝化作用244
8.2.3 反硝化作用244
8.2.4 厌氧氨氧化作用245
8.2.5 异化硝酸盐还原为铵246
8.2.6 氨化作用246
8.2.7 铵盐和硝酸盐的同化作用246
8.3 海洋微生物与硫循环248
8.3.1 硫氧化作用249
8.3.2 异化硫酸盐还原作用249
8.3.3 同化硫酸盐还原作用251
8.3.4 DMS和DMSP循环251
8.4 海洋微生物与磷、铁和硅循环254
8.4.1 在海洋磷循环中的作用254
8.4.2 在海洋铁循环中的作用256
8.4.3 在海洋硅循环中的作用257
8.5 海洋微生物与全球变化258
8.5.1 微生物与海洋酸化258
8.5.2 微生物与海洋富营养化259
8.5.3 微生物与海洋升温260
8.5.4 微生物与海洋缺氧260
主要参考文献261
复习思考题262
第9章 海洋环境中活的非可培养状态细菌264
9.1 VBNC细菌的发现及主要微生物类群264
9.1.1 VBNC细菌的发现过程264
9.1.2 已报道可进入VBNC状态的主要微生物类群266
9.2 诱导细菌进入VBNC状态的环境因素269
9.2.1 温度269
9.2.2 营养缺乏270
9.2.3 盐度或渗透压270
9.2.4 辐射270
9.2.5 氧气浓度271
9.2.6 杀生剂271
9.3 VBNC细菌的检测方法271
9.3.1 荧光显微镜检测方法272
9.3.2 分子生物学方法273
9.3.3 免疫学方法273
9.4 VBNC细菌的生物学特性274
9.4.1 形态特征274
9.4.2 生理生化特性276
9.4.3 VBNC状态病原菌的致病性276
9.5 细菌进入VBNC状态的机制277
9.5.1 对细菌VBNC状态概念的争议277
9.5.2 细菌进入VBNC状态的内在机制279
9.6 VBNC细菌的复苏研究280
9.6.1 诱导VBNC细胞复苏的因素281
9.6.2 关于VBNC细菌复苏的争论及复苏假说285
9.7 细菌VBNC状态的理论及实际意义286
9.7.1 揭示了细菌的另一种休眠体形式287
9.7.2 解开了霍乱弧菌的“冬隐夏现”之谜287
9.7.3 对生物地球化学循环的重要性287
9.7.4 对基因工程微生物危险性评估的影响288
9.7.5 评价现有常规消毒措施的有效性问题288
9.7.6 对公众健康及流行病学研究的意义289
9.7.7 对菌种保存方法的意义289
9.7.8 对分离培养未培养微生物的意义290