化学图文设计与分子模拟计算

本书以著名的桌面化学办公系统软件ChemBioOffice2008和广泛使用的量化计算软件Gaussian03的使用为例，采用图形界面与文字叙述相对照的方式，详细介绍了化学图文设计和分子模拟计算的方法。内容包括：计算机化学及化学模拟的概念与方法；ChemSketch化学图文绘制技巧；ChemBioDraw化学生物绘图工具的使用方法、结构查询、结构与性质计算；ChemBio3D结构模型构建、修改、显示与输出的方法和技巧；ChemBio3D中量子化学接口软件(MOPAC、Gaussian、Jaguar等)在分子模拟计算中的应用；Gaussian03输入文件的编制、计算作业的运行、计算结果的观察等方法；利用GaussView4．1创建、设置、运行与观察Gaussian输入／输出文件的方法。书中采用众多计算实例，介绍了单点能计算、几何优化计算、频率计算、高精度计算、化学反应路径计算、激发态的计算和溶液中的模拟等计算方法和计算结果的查看。
本书可作为化学及相关专业高年级本科生、研究生的教材和化学专业教师及有关研究人员的参考书，也可作为相关软件的使用参考书。

第1章 计算机与化学
　1.1 计算机与化学
　 1.1.1 计算机化学
　 1.1.2 计算化学
　 1.1.3 理论化学
　 1.1.4 量子化学
　1.2 计算机化学的发展
　1.3 我国计算（机）化学的发展概况
　1.4 分子模拟与量化计算简介
1.4.1 分子模拟的意义
1.4.2 分子模拟的一般过程
1.4.3 分子模型的构建
1.4.4 分子模拟的方法
1.5 常用化学软件简介
1.5.1 化学图文设计软件
1.5.2 计算化学与分子模拟软件
1.5.3 化学数据库
1.5.4 图谱解析软件
1.5.5 数据处理软件
1.5.6 文献管理软件
1.6　计算化学应用
1.7 计算机化学的学习方法
1.8 相关网站及参考书
第2章 ChemSketch的使用
　2.1 ChemSketch概述
　 2.1.1 主要功能
　 2.1.2 软件界面
2.2 结构模式
2.2.1 常用工具与快捷按钮
2.2.2 基本操作
2.2.3 高级操作
　2.2.4 二维优化
　　2.2.5 三维优化
　 2.2.6 模板的应用
　 2.2.7 模板的管理
　2.3 绘图模式
　 2.3.1 常用工具与快捷按钮
　 2.3.2 反应能量图
　 2.3.3 原子轨道图
　 2.3.4 实验装置图
　2.4 分子性质的预测
第3章 ChemBioDraw的使用
　3.1 ChemBioDraw概述
　 3.1.1 版本介绍
　 3.1.2 运行系统要求
　 3.1.3 新特性
　3.2 ChemBioDraw工具栏与文档
　3.2.1 工具栏与窗口显示
　 3.2.2 文档操作
　 3.2.3 页面设置
　3.3 ChemBioDraw操作实例
3.3.1 画丙酮分子
3.3.2 使用环工具
3.3.3 画反应式
3.3.4 画中间体
3.3.5 使用碎片工具
3.3.6 画多点配位结构
3.3.7 费歇尔投影式
3.3.8 画透视图
3.3.9 画纽曼投影式
3.3.10 使用立体化学标记
3.3.11 使用模板
　3.4 结构式的基本画法
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第4章 ChemBio3D的使用
第5章 Gaussian的使用
第6章 GaussView的使用
附录 能量单位

第1章　计算机与化学
计算机及网络技术的应用现已深入到化学研究的各个领域，使传统化学研究的手段和方法发生了深刻的变化。如今的化学研究已由纯实验科学，演变为先实验再计算、边实验边计算，直至成为先理论计算再实验验证、实验研究与理论计算相结合的全新科学研究模式，逐步形成了专门研究计算机技术在化学及其相关领域中应用的分支学科——计算机化学与化学模拟。
　　1.1计算机与化学
自20世纪80年代DOS操作系统问世以来，尤其是90年代中期Windows操作系统的诞生，加上计算机硬件技术的飞速发展，整个计算机系统得到了空前的完善，人类社会的生活方式也发生了革命性变化，互联网把整个世界连成一体，计算机不再是少数高级专门研究人员的特殊工具，已成为普通人群必不可少的工作平台。目前，化学研究人员可以在计算机上方便地开展研究工作，从而诞生了与计算机相关的众多化学分支学科，促进了研究手段、研究方法的不断更新和完善，并逐步产生了一些新的名词和术语，如计算机化学、计算化学、化学信息学、化学数据库等。
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