生物信息学与基因组分析入门

  本书是编者在给生物、食品相关专业学生讲授生物信息学课程的基础上整理编撰而成的。全书共有15章，第1-2章分别为生物学与计算机的基础知识；第3-10章介绍DNA、RNA以及蛋白质序列分析，为生物信息学的基本理论与方法；第11-15章介绍下一代测序（NGS）数据分析方法及其应用，如基因组组装、基因变异检测、转录组测序（RNA-seq）、宏基因组学等。

第1章  分子生物学基础
  1.1  生命的基本物质
  1.2  基因表达——遗传信息的流动
  1.3  生物序列处理
第2章  计算机技能基础
  2.1  文本编辑器
  2.2  网络搜索
  2.3  常用生物软件
  2.4  Windows 10的Linux子系统安装与使用
第3章  生物数据库
  3.1  NCBI综合数据库
  3.2  一级数据库与二级数据库
  3.3  NCBI查找胰岛素基因序列
第4章  序列比对（alignment）
  4.1  序列比对基础
  4.2  动态规划算法（dynamic programming）
  4.3  全局比对与局部比对
  4.4  多重序列比对
  4.5  双序列比对实践
  4.6  BioEdit进行多序列比对、编辑与美化
第5章  序列数据库搜索（BLAST）
  5.1  BLAST算法
  5.2  NCBI网站BLAST搜索
  5.3  本地BLAST
第6章  系统发育树(Phylogenetic Tree)
  6.1  分子系统发育树的基本概念
  6.2  分子系统发育树的构建方法
  6.3  MEGA构建进化树实训
第7章  蛋白质结构预测
  7.1  蛋白质三维结构的确定方法
  7.2  蛋白质三维结构数据库
  7.3  蛋白质三维结构可视化
  7.4  蛋白质三维结构的同源建模
第8章  PCR引物设计（PCR Primer Design)
  8.1  引物设计原则
  8.2  实时荧光定量PCR技术的原理与方法
  8.3  Primer Premier5的使用
第9章  DNA测序（DNA Sequencing)
  9.1  DNA测序方法
  9.2  碱基读取（Base Calling)
  9.3  Sanger测序结果分析
第10章  基因组学
  10.1  基因组测序策略
  10.2  基因组组装与注释
  10.3  模式生物基因组
  10.4  微生物基因组比对与可视化
第11章  下一代测序基础
  11.1  NGS测序文库制备
  11.2  Ilumina测序原理
  11.3  NGS数据的质量控制
  11.4  测序数据质控分析实践
第12章  全基因组重测序(Whole Genome Resequencing)
  12.1  短读段比对（Reads Mapping)
  12.2  变异识别（Variants Calling)
  12.3  全基因组重测序分析实践
第13章  基因组组装（Genome Assembly）
  13.1  基因组组装的影响因素及测序策略
  13.2  序列组装过程
  13.3  组装质量的评价
  13.4  基因组组装实践
第14章  转录组测序（RNA-Seq)
  14.1  RNA-Seq实验设计及测序策略
  14.2  RNA-Seg数据分析流程
  14.3  RNA-Seq数据分析实践
第15章  宏基因组学（Metagenome)
  15.1  基于NGS的两种宏基因组研究策略
  15.2  实验设计与测序的影响因素
  15.3  扩增子测序数据分析
  15.4  16S rDNA扩增子数据分析实践
参考文献